繼政府批准其提高票價上限的請求後，JR東日本將於2026年3月實施自1987年成立以來的首次票價調整，並將因消費稅上調而產生的票價調整排除在外。
該公司將取消「電車特定區間」和「山手線內」票價
儘管該公司已維持其票價水準約40年，但預計未來商業環境仍將充滿挑戰，包括人口減少和新生活方式導致的鐵路客流量下降、能源和商品價格上漲以及員工福利改善。該公司表示，需要確保用於維護安全和改善服務以及應對日益嚴重的自然災害的投資資金，並且票價調整將取決於管理措施。票價上漲幅度為7.1%（普通票價：7.8%，定期票：12.0%，學生票：4.9%）。此外，車站票價加收的無障礙票價也將取消。
此次，票價類別將取消目前比東京圈內其他區域更便宜的“電車特定區間”和“山手線內”，並整合到“幹線”類別中。電特區間和山手線內是在日本國鐵時代設立的，當時票價持續上漲。最初，這些措施旨在控制票價，並增強與私營鐵路和地鐵的競爭力。然而，如今票價差距已經縮小，甚至出現了逆轉。雖然此次整合將導致票價上漲幅度更大，尤其是在東京圈內，但JR東日本計劃將未來約70%的資本投資用於東京圈內。這將消除區域間差異，並使票價結構更易於理解。該公司計劃透過增加東京圈內的收入來彌補資金缺口，同時不斷提升便利性。
國鐵時代40週年…與私營鐵路的競爭是否已成為過去？
對於1日圓起價的IC卡，幹線和地方線的起始價將從目前的147日圓上調至155日圓。電特區間和山手線內的起價將從目前的146日圓（含10日圓無障礙站費）上調至與幹線相同的155日圓。六個月通勤券的折扣率將有所調整，但可在早高峰時段以外使用的「非高峰期」通勤券將繼續提供普通通勤券的15%折扣，並將在適用地區擴大使用範圍。為了照顧家庭預算，幹線和地方線的學生通勤券票價將保持不變，但電特區間和山手線內的票價將因合併而上調至與幹線相同的價格。
現行票價制度中，還包含“指定區間（東京地區）”，即限製出發站和到達站的區間，該制度自日本國鐵成立以來就一直沿用。但由於線路配置的變化，許多區間不再相互競爭，因此除東京站至西船橋站、新宿站至八王子站、澀谷站至橫濱站等部分區間外，該票價將被廢除。指定區間之一的品川站至久里濱站區間，現行票價（IC）為945日圓。但修訂後，由於該區間不再被指定，將適用幹線票價，票價將為1,221日元，比現行票價上漲276日圓。另外，目前在計算票價時視為同一條線路的東海道新幹線與東海道本線東京站～熱海站之間的票價會產生差異，修改後將按不同線路計算票價。